Деятельность Ассоциации призвана содействовать повышению конкурентоспособности отечественной фармацевтической отрасли, сохранению и увеличению производственного и финансового потенциала предприятий фарминдустрии. АРФП является членом Торгово-промышленной палаты РФ, активно сотрудничает с профильными федеральными государственными органами власти: Минздравом России, Росздравнадзором, Минпромторгом, ФАС России, Комитетом Государственной Думы РФ по охране здоровья.
Представители АРФП входят в Совет по развитию фармацевтической и медицинской промышленности при Правительстве Российской Федерации. Генеральный директор АРФП Виктор Дмитриев является сопредседателем Рабочей группы по в сфере фармацевтики и медицинских изделий при подкомиссии по совершенствованию контрольных (надзорных) и разрешительных функций федеральных органов исполнительной власти при Правительственной комиссии по проведению административной реформы, Председателем Общественного совета при Федеральной службе по надзору в сфере здравоохранения, членом Коллегии Росздравнадзора.